Zona dedicată florei și vegetației României reprezintă cea mai mare subunitate a Sectorului Fitogeografic, fiind o idee originală a profesorului Alexandru Borza. Acest sector a venit ca un important sprijin în activitățile grădinii botanice de conservare ex situ și de cercetare a unor specii de plante rare sau vulnerabile din țara noastră, dar și în prezentarea, educarea și familiarizarea publicului și a studenților biologi cu flora spontană. Astfel, într-o manieră cât mai apropiată celei naturale, putem regăsi plante caracteristice pentru principalele regiuni ale României, organizate în subsecțiuni dedicate Dobrogei, Banatului și Olteniei, Transilvaniei și Munților Carpați.

Flora dunelor maritime reunește pe o suprafață mică de teren specii ale acestui tip de habitat tot mai amenințat de activitățile umane. Aici regăsim specii rare, iubitoare de nisip (care este adus special chiar de la malul Mării Negre): varza de mare (Crambe maritima), pirul de mare (Elymus farctus subsp. bessarabicus, Leymus racemosus), Lactuca tatarica, Stipa borysthenica, sparanghelul sălbatic (Asparagus pseudoscaber) etc.

Flora Dobrogei este reprezentată și ea prin specii rare ca și cununa lui Hristos (Paliurus spina-christi), ghiocelul balcanic (Galanthus elwesii) și bujorul românesc (Paeonia peregrina var. romanica).

Flora Banatului și Olteniei cuprinde specii termofile și calcifile organizate sub forma unei stâncării și a unui mic șibliac, habitat din a cărui componență nu poate lipsi liliacul (Syringa vulgaris), scumpia (Cotinus coggygria) sau mojdreanul (Fraxinus ornus).

Câmpia transilvăneană prezintă vizitatorilor un fragment din frumusețea și diversitatea floristică deosebită a ariei intracarpatice. Pajiștile din Transilvania se încadrează printre cele mai bogate în plante din Europa. Această biodiversitate este datorată practicilor tradiționale de folosire a terenurilor de către localnici, care s-au adaptat și au avut grijă de pământul lor generație după generație. Cositul și pășunatul la intervale optime de timp mențin un număr mare de specii în acest tip de habitat seminatural. În Grădina Botanică A. Borza respectăm practicile tradiționale locale de îngrijire și sporire a biodiversității din pajiști astfel, în câmpia transilvană, putem revedea an de an peste 100 de specii de plante ce cresc în armonie una cu cealaltă.

Primăvara devreme înfloresc mii de ghiocei bogați (Leucojum vernum) și sute de brândușe de primăvară (Crocus vernus), pe timpul verii regăsim specii rare ca endemitul Astragalus peterfii, frăsinelul (Dictamnus albus), migdalul pitic (Prunus tenella), bujorul de stepă (Paeonia tenuifolia), narcisa sălbatică (Narcissus poeticus), iar toamna, înainte de venirea frigului, o brândușă endemică pentru Carpați (Crocus banaticus) ne bucură cu sclipiri albăstrui pe toată câmpia.

Tot în cadrul câmpiei transilvane este amenajată o sărătură, unde sunt cultivate plante iubitoare de soluri bogate în săruri (halofite), sărături des întâlnite în Transilvania (Turda, Sic, Cojocna, Ocna Mureș). Câteva exemple de plante cultivate ar fi: Triglochin maritima, Juncus gerardii, Plantago cornuti, Limonium gmelinii, Tripolium pannonicum subsp. tripolium etc.

Munții Carpați sunt reprezentați în grădină prin două tipuri de habitate: de stâncărie și de pădure. Pe stâncăria special amenajată viețuiesc plante precum laleaua galbenă (Tulipa hungarica), garofița albă sau barba ungurului (Dianthus spiculifolius), crini sălbatici (Lilium martagon var. albiflorum), iriși (Iris graminea), bârcoace (Cotoneaster integerrimus, C. melanocarpus) etc. Pădurile sunt reprezentate prin zonele plantate cu gorun, fag, molid, brad, pin roșu și larice, iar stratul ierbos din pădure este reprezentat prin numeroase specii, între care și cele două endemite carpatice: breabănul (Cardamine glanduligera) și crucea voinicului (Anemone transsilvanica). Frecvent întâlnite prin pădurile noastre sunt păștițele (Anemone ranunculoides, A. nemorosa), măcrișul iepurelui (Oxalis acetosella), limba cerbului (Asplenium scolopendrium) sau spânzul (Helleborus purpurascens). Nu trebuie să uităm nici de liliacul transilvănean sau lemnul vântului (Syringa josikaea) care ne întâmpină lângă principalul pod care traversează pârâul Țiganilor, un adevărat simbol de raritate (endemit carpatic) și frumusețe pentru flora acestei țări.