Colecția de semințe reprezintă, alături de colecțiile diverșilor taxoni cultivați în grădină, baza activității de conservare ex situ, activitate specifică și care constituie unul dintre scopurile existenței oricărei grădini botanice. Este constituită din semințele diverselor specii colectate de-a lungul timpului din Grădina Botanică A. Borza sau din flora spontană. Ordonarea se face în cadrul familiilor, genurilor și speciilor. În acest fel, semințele pot fi utilizate pentru diverse studii de morfologie, germinație, studii biochimice sau de analize moleculare, după cum sunt utilizate în schimburile de material vegetal care se derulează între grădinile botanice, ca bază a îmbogățirii colecțiilor acestora.