Le premier jardin botanique de Cluj fut celui du début du XIX^ème siècle situé à côté du Collège Reformé (actuellement, les rues Mihail Kogalniceanu et Avram Iancu). Celui-ci detenait des collections de plantes en air libre et de serres, organisé et soutenu financièrement par le botanniste amateur Volfgang Cserey, responsable aussi de l’idée de créer un jardin botanique national à Cluj.

Le premier jardin botanique de la ville, c’est-à-dire le precurseur de celui actuel, est lié à la création de la Société du Musée Transylvain (1859) et à la création de l’Université Franz Josef de Cluj (1872). Le jardin est organisé par le professeur August Kanitz sur le terrain doné par le comte Mikó (la zone du parc de la rue 5-7, Clinicilor). Après 1900, le professeur Aladá Richter, en vue d’inaugurer le nouveau jardin botanique, réussit à acheter le terrain de 9 ha avec des jardins et des vergers du sud de la ville (le siège actuel du jardin). Le développement du jardin botanique sur cette nouvelle place a été substantiellement affecté par le début de la Première Guerre Mondiale.

Une fois avec la fondation de l’Université de la Dacie Supérieure, à partir de 1919, le professeur Alexandru Borza reçoit la mission de finaliser l’organisation du nouveau jardin botanique, subordonné à l’université (aujourd’hui l’Université Babes-Bolyai). La surface est élargie à 14 ha et fait appel aux plus nouveaux concepts scientifiques quand il trace les plans de celui-ci. Ainsi, les principes de la phylogénie des plantes et et de la phytogéographie vont s’accrocher d’une manière harmonieuse aux principes de l’écologie, au rafinement artistique et aux demandes de l’instruction du public.

Ce nouveau jardin s’ouvre officiellement pour les visiteurs le 25 juin 1925, le moment où la plupart des équipements actuels étaient présents. Après l’événement, on ajoute entre 1930-1935 le bâtiment de l’Institut botanique (innauguré officiellement en 1937 en présence de sa Majesté, le roi Carol II), qui héberge actuellement le Musée botanique et le plus grand herbier de la Roumanie.

La période 1940-1945 est connue comme celle du refuge à Timișoara, la direction du jardin étant prise par les autorités récemment installées suite au Dicté de Vienne.

Après la Deuxième Guerre Mondiale on a réalisé le Complexe de Grandes Serres (1957-1960), la reconstruction des allées etc. Il y avait un intérêt constant pour le maintien, l`amélioration et la modernisation des équipements déjà existantes, l`ajout de nouveaux équipements, tous ayant le rôle d`assurer le fonctionnement dans de bonnes conditions de cette institution de recherche et de conservation des plantes, d`enseignement et d`éducation.

C`est ainsi que le Jardin botanique Alexandru Borza réussit à garder et à améliorer le prestige national et international dans le milieu académique, et à rester en même temps l`une des plus visitées et appréciées instituttions de ce type en Roumanie. La preuve sont les plus de 230.000 visiteurs par an, venus pour admirer l`une des plus riches collections de plantes exposées au public de cette partie de l`Europe.